Lesní porosty LZ Konopiště představují rozlohou největší modelové území zahrnuté do projektu, když v souhrnu pokrývají téměř 40 tisíc hektarů v Přírodních lesních oblastech Středočeské pahorkatiny a Českomoravské vrchoviny. Přírodní podmínky jsou poměrně pestré a zahrnují různá stanoviště 1.-5. lesního vegetačního stupně, s převahou porostů ve 3. a 4. lesním vegetačním stupni. Lesní porosty tak dobře charakterizují typické stanovištní podmínky ČR, včetně převládající dřevinné skladby porostů, kdy většinu porostů (~80 %) tvoří kulturní hospodářské porosty s převahou smrku a borovice. Nejzastoupenějším přírodním lesním biotopem jsou acidofilní bučiny (v souhrnu zhruba 1000 ha), hercynské dubohabřiny a suché acidofilní doubravy. Mnohá přírodní stanoviště jsou v relativně zachovalém stavu, tvořené však většinou plochou malými a vzájemně izolovanými fragmenty, což ztěžuje udržení metapopulační struktury na tato stanoviště vázaných druhů na úrovni krajiny. V tomto ohledu je území opět typickým příkladem středoevropské krajiny s dominancí hospodářských lesů. V maloplošných chráněných územích se nachází zlomek rozlohy lesů LZ Konopiště (~1,5 %).